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在国际最大公共数据库GenBank的dbEST数据库中收录了大量各种生物的ESTs，这些大量的EST序列对发现、克隆和定位新基因，构建遗传图谱，开发分子标记，研究基因差异表达、功能及基因间互作是非常有价值的资源。为了充分挖掘EST数据资源所蕴含的生物学信息，掌握系统的分析方法对其研究显得尤为重要。参照目前广泛运用的多种EST数据分析软件，系统地简述了EST的序列分析方法，主要包括EST的序列分析前处理、序列的聚类拼接以及注释、功能分类，指出应根据EST数据的特征来选择合适的序列分析软件，并阐释EST技术在