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目的了解2016-2017年盐城地区手足口病肠道病毒病原谱分布情况,并对鉴定为EV71型肠道病毒VP1基因进行分子进化特征分析。方法通过实时荧光RT-PCR方法对2016-2017年盐城市疑似手足口病咽肛拭子标本进行肠道病毒阳性标本的筛选,对非EV71非CVA16其他肠道病毒进行分子分型,RT-PCR扩增EV71型肠道病毒VP1基因片段并测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2016-2017年盐城市手足口病原主要以其他肠道病毒为主,EV71和CVA16仍占有一定比例。共有12个基因型肠道病毒的流行,分别为EV71、CVA16、CVA2、CVA4、CVA6、CVA8、CVA9、CVA10、ECHO3、ECH09、ECHO13、CVB4。其中,CVA6型为绝对优势流行株。遗传进化树显示,盐城地区EV71型代表株属于C4基因型C4a基因亚群的毒株,盐城代表株在C4a基因亚群进化谱中进化为两个主流分支。其中,盐城地区2016年8株代表株和2017年26株共34株处于较强传播链中。重症病例EV71型代表株在进化树呈散在性分布,没有单独聚集成簇。结论 2016-2017年盐城市手足病病原有多种基因型的肠道病毒同时流行,CVA6是优势病原体,EV71型属于C4基因型C4a基因亚群的毒株,EV71型肠道病毒仍是引起重症的主要型别。