肥料是指以提供植物养分为主要功效的各种物料，按经济性状可划分为化肥、商品有机肥、微生物肥料三类。合理使用可以提高农产品产量和品质，提高农产品的风味和耐储性，但使用过多或不合理使用将产生两个方面的负面影响。一是养分失调，造成农产品质量下降，其主要的问题是过量使用氮肥，造成土壤氮素过剩，不仅导致硝酸盐污染地下水，而且会造成植物吸收硝酸盐、亚硝酸盐过量，导致农产品中硝酸盐、亚硝酸盐含量超标。二是若肥料中的一些污染物含量过高，造成土壤与农产品中有害物质含量超标。
　　施肥不当对农业环境产生不良影响的原因主要来自如下几个方面：①不合理使用污泥和污水灌溉，造成许多地区的土壤中金属河染；②过量使用氮素化肥、磷肥、有机肥，使土壤氮、磷过剩，与致地下水污染，江河、湖泊、池塘水体富营养化；③使用未经无害化处理的垃圾、畜禽粪便与其他废弃物导致土壤污染(主要是重金属、有害有机物等)；④使用污染物超标的肥料，造成土壤污染，如20世纪80年代许多地方使用含三氯乙醛的有毒磷肥，造成大面积的农作物受害，甚至绝收。
　　无公害农产品生产合理施肥的原则是：坚持有机肥料与无机小料相结合；坚持因土因作物合理施肥，坚持缺素补肥，平衡施肥；确定合理的轮作施肥制度，合理调配养肥；坚持合理的施肥技术，提高肥料利用率。
　　为达到合理施肥的要求，应采取因土、因作物、因生育期而异的肥料选择与定量配方施肥技术，具体包括：
　　一、针对植物营养特性选择肥料
　　植物种类、品种不同对养分需求不同，同一植物品种不同生育期、不同产量水平对养分需求数量和比例不同；不同植物对养分种类有特殊反应；不同植物对养分吸收利用能力也有差异，选择化小品种时，应根据作物营养特点来科学选择肥料。
　　二、针对土壤特性选择肥料
　　我国土壤种类丰富，南北土壤差异很大。南方地区的红壤、砖红壤、黄壤、棕壤，呈酸性或微酸性，磷肥宜用偏见新的钙镁磷肥；二北方土壤黑钙土、栗钙土、灰钙土、褐土等土类，多成碱性，磷肥宜用偏酸性的过磷酸钙；有盐渍化特征的碱土、盐土，尤其滨海盐土，宜使用磷石膏，钾肥宜选用硫酸钾。
　　三、针对作物生育期需要选择肥料
　　作物生长的不同时期对肥料的吸收不同。因此，针对不同的生長时期选择不同的肥料。种肥选用中性高浓度的复合肥料。基肥可选用低浓度的肥料，也可选用高浓度的复合肥料。追肥多选用高浓度速效化肥，如尿素、磷酸二铵、磷酸二氢钾等。灌溉施肥及叶面喷肥时，要选用高浓度、易溶解、残渣少的肥料，如尿素磷酸二氢钾及种类繁多的叶面肥等
　　四、定量施肥方式
　　1.施肥量确定
　　一般在生产上使用的主要方法有地理分区配方法、目标产量配方法、田间试验配方法等。一般作物施肥量常用目标产量配方法进行推算。其计算公式如下：
　　目标产量所需养肥吸收量一土壤养肥供应量
　　作物施肥量
　　肥料有效养肥含量(％)×肥料利用率(％)
　　上述公式中涉及的目标产量所需养肥吸收量、土壤养肥供应量、肥料有效养肥含量、肥料利用率统称为施肥参数。已通过大量研究总结得出一些经验数据，一般情况下，化肥的当季利用率为：氮肥30％～35％，磷肥15％～25％，钾肥25％～35％。养父吸收量可以查找有关材料手册得知，土壤养肥供应量需经土壤测试、田间试验得知。
　　2.养肥配比
　　根据植物营养特性和土壤形状调整肥料养分配比，实现配方平衡施肥。无公害农产品基地应重视有机肥投入，其余化肥总有效养分比以50：50效果较好。