【摘 要】
：
[背景]随着测序费用的降低,越来越多的科学家选择利用高通量测序技术研究噬菌体的基因组序列.通过对这些基因组数据的分析和研究,一些科学家也开发出了判断dsDNA噬菌体末端序列的方法,但这些方法是基于Linux系统下的命令,并没有在Windows操作系统下的软件.[目的]在Windows平台下开发一款免费的、可以在高通量测序获得的庞大序列文件中找到dsDNA噬菌体基因组末端序列的软件PhageGT.[方法]使用Visual Studi02019开发一个基于对话框的微软基础类库(Microsoft Founda
【机 构】
：
济南大学人工智能研究院 山东济南250022;济南大学生物科学与技术学院 山东济南250022;中国气象局武汉暴雨研究所 湖北武汉430205;济南大学生物科学与技术学院 山东济南250022
论文部分内容阅读
[背景]随着测序费用的降低,越来越多的科学家选择利用高通量测序技术研究噬菌体的基因组序列.通过对这些基因组数据的分析和研究,一些科学家也开发出了判断dsDNA噬菌体末端序列的方法,但这些方法是基于Linux系统下的命令,并没有在Windows操作系统下的软件.[目的]在Windows平台下开发一款免费的、可以在高通量测序获得的庞大序列文件中找到dsDNA噬菌体基因组末端序列的软件PhageGT.[方法]使用Visual Studi02019开发一个基于对话框的微软基础类库(Microsoft Foundation Classes,MFC)应用程序.软件使用C++语言开发,逐行读取序列文件中的每条Reads,并设计相应的算法进行统计、计算.[结果]软件PhageGT可在高通量测序文件中提取出不同序列出现的频率、排序,并利用提取序列的最高频率和序列平均频率的比值(R值)判断噬菌体基因组是否存在末端序列.[结论]软件PhageGT的使用比较方便、简单.软件PhageGT和本文所利用的所有测试数据均可从https://zenodo.org/record/4674231 #.YHADb-gzZxc免费获得.
其他文献
为了研究京津冀地区气候变化对人体舒适程度的影响,基于京津冀地区24个气象站点1989—2018年共30 a的温度、湿度和风速的月平均数据,得到京津冀地区人体舒适度指数(comfort of human body index,ICHB).利用一元回归趋势线分析法对其时空变化特征进行分析,并结合通径分析法研究影响ICHB的气象因素.研究结果表明:①京津冀地区ICHB的等级主要为微冷和比较舒服,整体为冷凉特征,没有热及以上等级.②人体感觉最不舒适的季节为冬季,区域内各地区的ICHB差异较小,体感为寒冷和冷;最为
[背景]海岛棉相对陆地棉更易感枯萎病,一旦发生很难根治,使得枯萎病逐渐成为威胁新疆海岛棉产业发展的主要病害,但其致病机理目前还不是十分明确.[目的]揭示棉花枯萎病菌的遗传变异和致病机理,同时获得带有绿色荧光蛋白(Green Fluorescent Protein,GFP)标记的棉花枯萎病菌转化子用于观察其侵染海岛棉的途径.[方法]采用农杆菌介导的遗传转化(Agrobacterium tumefaciens-Mediated Transformation,ATMT)方法,对棉花枯萎病菌7号生理小种st89进
芽胞杆菌属具有良好的蛋白表达和分泌能力,在工业酶的生产中被广泛应用,是理想的工业宿主菌,但实现蛋白分泌表达的普遍高效性还存在许多瓶颈.本文综述了芽胞杆菌的蛋白分泌表达策略,从启动子、信号肽、分泌途径、宿主和培养条件这5个方面总结了提高芽胞杆菌中分泌表达重组蛋白的方法,对芽胞杆菌高效生产工业酶有一定的参考价值,最后展望了优化芽胞杆菌分泌表达的研究方向,各种新型生物技术的发展必将推进芽胞杆菌在分泌表达领域有更深入的应用.
微生物在自然界中广泛存在,微生物间的相互作用对群落结构和功能有重要影响.目前已经对微生物相互作用的机制给予了很大的关注,通过高通量测序技术和统计学分析方法的结合可以定位获得影响菌株互作的重要基因.为了深入研究微生物相互作用的遗传机制,本文以大肠杆菌(Escherichia coli)为例,综述了与大肠杆菌运动性、耐药性、营养物质吸收和代谢调节相关的基因在互作条件下发挥的作用,并从这几个方面分别阐述了大肠杆菌互作遗传机制.总之,这些基因在大肠杆菌与其他微生物互作中发挥重要作用,同时增强了对细菌互作机制的理解
[背景]脂代谢异常是肝癌发生发展过程中重要的代谢事件,研究发现多种乳酸菌在调节糖脂代谢过程中发挥重要作用.[目的]探究植物乳杆菌CGMCC8198 (TCCC 11824)是否会通过调节HMGCR/SMYD3脂代谢通路,进而对肝癌细胞的发生发展产生影响.[方法]采用不同浓度的(5、10、15 μg/mL)植物乳杆菌CGMCC8198破碎上清液(Lactobacillus plantarum CGMCC 8198 Crushed Supernatant,LpS)处理HepG2细胞不同时间.利用蛋白免疫印迹(
抗生素类药物的发现和使用给人类提供了抗击细菌感染的强大武器.但是,抗生素长期使用导致的细菌耐药问题限制了其在临床上的应用.开发新型的基于纳米酶(Nano-Enzyme)的新型抗菌剂为解决上述问题提供了新思路.将纳米酶可以归为两大类:一类是酶和纳米材料的复合材料;另一类是纳米材料本身具有类酶活性.因为银(Ag)纳米粒子是历史最悠久且研究最广泛的纳米抗菌剂,而且其抗菌机制多样化,因此将Ag纳米粒子的抗菌机制和最新进展单独论述.纳米抗菌剂可以组合多种抗菌机制协同抗菌,从而提高其抗菌性能.因此,在这篇综述中系统介
[背景]细菌耐药已成为全球严重的公共卫生问题,养殖业是细菌耐药性产生的重要源头之一.我国正在全力推进“减抗、限抗、禁抗”战略.新型安全高效的抗生素替代品成为当前养殖业的重要需求.噬菌体因其能有效裂解细菌被认为是一个重要的突破口,但噬菌体作为活体微生物,在保存和使用时存在稳定性差、利用率低等问题.[目的]制备噬菌体粉剂,提高噬菌体的抗逆性和稳定性,为噬菌体在养殖业中的应用提供技术支持.[方法]选用大肠杆菌噬菌体BpEP4,采用嵌段式聚醚F-68包被噬菌体,然后负载于脱脂米糠制得噬菌体粉剂,双层琼脂平板法测定
[背景]解纤维梭菌是发酵木质纤维素生产乙醇的中温模式菌株,构建可控诱导的基因打靶技术是研究解纤维梭菌遗传调控的重要手段.[目的]在解纤维梭菌中构建脱水四环素诱导的ClosTron基因打靶系统.[方法]首先,分析解纤维梭菌对脱水四环素的敏感性,筛选合适的诱导剂浓度,并以β-葡萄糖苷酶为报告基因,检测其在解纤维梭菌中的诱导效果.然后,将脱水四环素诱导型操纵子与Ⅱ型内含子元件组合,构建脱水四环素诱导的ClosTron质粒.最后,以解纤维梭菌mspI、ldh和ack为例,检测其在解纤维梭菌中的打靶效率.[结果]脱
[背景]一直以来,链霉菌都是活性物质的主要生产者,近年来随着抗生素滥用引起的环境和微生物抗药性问题越发严重,挖掘高效生物防治因子和新型抗生素成为了解决以上问题的重要手段.[目的]通过获得植物内生链霉菌SAT1全基因组序列和次级代谢基因簇信息,利用比较基因组学和泛基因组学分析SAT1菌株的特殊性以及与其他链霉菌的共性,为阐明SAT1抑菌和内生机制提供理论基础,为揭示链霉菌的生态功能提供可靠数据.[方法]通过三代测序平台PacBio Sequel完成SAT1基因组测序,利用生物信息学技术进行注释和功能基因分类
[背景]副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)作为乳酸菌中重要菌种之一,常被认为是优良益生菌开发的潜在资源.[目的]以L.paracasei PC-01和L.paracasei Zhang为例,分析不同L.paracasei的基因组差异和遗传背景,为菌株的鉴定和开发奠定基础.[方法]采用PacBio SMRT三代测序技术对L.paracasei PC-01进行全基因组测序,结合2株L.paracasei模式菌株和公开的36株全基因组数据,通过比较基因组学方法揭示39株L.parac