基因组学研究表明基因之间存在着复杂的联系,特别是后基因组时代从结构研究向功能研究方式转变,对基因之间的相互联系、相互作用日趋重视,此外单个基因的变化远不如基因组的整体矢量变化更能反应机体的真实生命活动状态等等,都与中医特有的整体、全面观点是一致的。中医的同一种病可分成不同的证,不同的证采用不同的治疗方法才能取得理想的治疗效果;同一种证可表现为不同的病,同证异病可采用相同或相类似的方法治疗。那么,利用基因芯片检测不同证的基因表达谱的改变,根据基因表达谱的不同给予不同的治疗,从而实现中医证的临床诊断的现代化。可以设想,中药的扶正可表现为中药促进和调整某个或某些被关闭的正常基因的表达,以及对某个或某些受损基因的修复;中药的祛邪可表现为对某些过度表达基因的关闭或使其表达减弱等。中医药治疗原则强调扶正祛邪而达到机体阴平阳秘的平衡状态,在基因水平上可以说与抑制某些易感基因的过分表达或提高某些基因的过低表达有密切关系。