目的分析湖南省辖区内省、市、县三级疾控机构绩效工资实施现状,提出完善疾控机构绩效工资政策建议。方法通过制定调查问卷了解分析湖南省内省、市、县级疾控机构财政保障方式、绩效工资总额核定和职工满意度现状。结果被调查的98家各级疾控机构中,85.2%已实施绩效工资,且均在2009年以后。63.3%的疾控机构绩效工资总额核定按照当地事业单位的平均水平。市级疾控机构核定的平均绩效工资水平年人均平均为3.6万,县级为2.38万。绩效工资实施后,86.6%的单位依然需要创收。26.7%的疾控机构认为绩效工资可以激励职工的工作积极性。结论事业单位绩效工资改革有一定的积极意义,但是政策弊端明显,违背了改革的初衷。疾控机构的全额保障问题没有完全地解决,绩效工资水平核定总量偏低,职工收入下降,工作积极性受到影响。此外,奖励性绩效工资分配存在难度,易产生新的不平衡。因此,提高核定的绩效工资总量,合理分配绩效工资,保证疾控机构的收入水平不低于同级医疗卫生事业单位的平均水平,并探索奖励性政策,允许创收返还作为单位发展基金和弥补职工福利。