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养猪业面对粪便处理和臭气味道控制等问题。在田间施用粪肥，是动物和植物之间营养物再循环过程中天然、可持续的方法。田间粪肥的施用营超过农作物营养需要量就会导致地表水和地下水的污染以及土壤中矿物元素的积聚。此外，粪便也含有大量产生臭气的化合物，因而臭气会在粪便储藏期间，以后施用于田地期间会散发到空气中。当前生猪生产持续的集约化和密集饲养的趋势加重了自身对环境冲击。这些问题在一定程度上可以通过日粮调控和饲养管理而加以解决。