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蛋白质内含子是能够自我剪切的一段多肽链.它在生物三大系统中都存在,但它的分布在各物种间以及蛋白质种类之间极不均衡.蛋白质内含子的演化和扩散也因此引起了人们的极大兴趣.经过系统搜索,从已知的核酸序列中找到69个经典的蛋白质内含子.同源比较和系统树分析表明,蛋白质内含子的演化应综合先天遗传和后天转移两方面的因素.