【目的】克隆红麻查尔酮合成酶(CHS)及其异构酶(CHI)基因并构建CHS基因的植物表达载体,为进一步研究其在红麻育性及抗逆性中的作用奠定基础。【方法】提取红麻不育系(P3A)、保持系(P3B)花药RNA和DNA,以红麻花药转录组高通量测序数据为基础,利用同源克隆技术获得CHS和CHI基因,并利用载体重组技术构建CHS基因植物表达载体。【结果】红麻CHS基因c DNA全长序列为1236 bp,包含一个1170 bp开放阅读框,编码389个氨基酸;其DNA序列全长为1329 bp,包含2个外显子和1个内含子。CHI基因c DNA序列为724 bp,最大开放阅读框为630 bp,编码209个氨基酸;其DNA序列全长为1087 bp,包含4个外显子和3个内含子。【结论】成功克隆获得红麻CHS和CHI基因的序列,构建的CHS基因植物表达载体p BI121-CHS可用于该基因功能的研究。