随着我国国民经济的高速发展,国家经济实力显著增强,政府对公益性科研事业单位投入资金越来越多,大力支持科研发展,科研整体实力逐步提高。各种科研项目研究经费不断增加,而相应的财务管理方式方法却没有跟着调整,财务管理水平没有明显提高,公益性科研事业单位的财务问题逐渐凸现,且日趋严重。主要表现为:科研负责人对课题经费管理意识淡漠,材料采购自主性大,固定资产管理薄弱,绩效激励比例偏低,内部自制凭据转账,项目管理机构分散、科研政策碎片化,项目验收信息不透明等。有些是研究所内部管理的层次的问题,有些是研究所管理体制问题,有些是课题负责人管理科研经费的观念问题。本文采用观察法、文献研究法、实证研究法等方法,通过分析问题及其形成的原因,提出完善材料采购制度、加强固定资产管理、完善内部控制制度、建立财政性资金效益考核体系、增加管理层次、完善法人治理结构、统一科研项目管理机构、顶层设计科研制度、建立项目申请、评审验收公开等合理化建议,促进公益性科研事业单位财务管理水平的提高。