多鳞四指马鲅(Eleutheronema rhadinum)与四指马鲅(Eleutheronema tridactylum)是四指马鲅属(Eleutheronema)中的名贵经济鱼类,具有良好的养殖开发前景。本文对中国沿海多鳞四指马鲅与四指马鲅群体的26个形态特征值进行了多变量比较分析,提取了7个主成分,累计贡献率达到91.112%,前三个主成分贡献率分别为28.759%、21.467%、15.469%。多鳞四指马鲅与四指马鲅形态差异主要体现在头背部、尾柄部、背腹轴及头尾轴的特征。利用4个形态学参数建立了2群体判别公式,综合判别准确率高达100%,可作为多鳞四指马鲅与四指马鲅物种资源的初步判定方法。另外,利用简化基因组测序开发出多鳞四指马鲅与四指马鲅SNP标记69207个、In Del标记12884个,丰富了四指马鲅属鱼类遗传结构研究数据。本研究为进一步开展四指马鲅数属物种资源评估与保护、选育、功能基因研究提供基础资料。