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耐多药结核病和广泛耐药结核病在人类免疫缺陷病毒感染时代的不断增长是有效结核病控制的主要威胁。来自染色体自发突变的结核分枝杆菌耐药概率很低。疾病治疗过程中由于不稳定的药品供应、不合理的治疗方案以及差的患者依从性等人为选择因素导致临床耐药结核病大量发生。已经阐明主要的一线和二线药物包括利福平、异烟肼、吡嗪酰胺、乙胺丁醇、氨基糖甙类和氟喹诺酮类的耐药分子机制。结核分枝杆菌菌株耐药性与毒性/传染性之间的关系需要进一步研究。理解结核分枝杆菌耐药机制将有助于快速分子诊断工具的发展并且可能进一步指导结核病治疗的新药的研制。