【摘 要】
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为筛选出肝细胞癌与临床病理特征相关的特征基因,本研究将公共数据库中肝细胞癌患者的癌和癌旁组织的差异表达基因,通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)提取与临床特征相关的基因模块。对其进行基因本体论(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of g
【基金项目】
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四川省科技计划应用基础研究项目(2018JY0285); 泸州市人民政府-西南医科大学科学和技术战略合作项目(2018LZXNYD-ZK24)共同资助;
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为筛选出肝细胞癌与临床病理特征相关的特征基因,本研究将公共数据库中肝细胞癌患者的癌和癌旁组织的差异表达基因,通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)提取与临床特征相关的基因模块。对其进行基因本体论(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析和蛋白质相互作用分析,筛选出关键基因,应用Kaplan-Meier分析其表达与肝癌患者生存情况的关系,并通过RT-qPCR方法在48对肝癌及癌旁组织中对筛选出的特征基因进行验证。结果显示模块基因主要参与:细胞周期、p53信号通路、核分裂等通路和生物学过程;kif11、rrm2等18个基因与肝癌不良预后密切相关(P < 0.01)。RT-qPCR结果显示kif11和rrm2在肝癌组织中高表达,并与肝癌的肿瘤大小、TNM分期、转移相关(P < 0.05)。本研究发现kif11和rrm2与肝癌发生发展预后密切相关,为进一步基础和临床研究提供初步证据,并为肝癌的治疗提供了新的靶点。
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