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利用棉铃种皮DNA和种仁DNA的差异,通过Simple sequence repeats（SSR）分子鉴定技术在棉花制种后期快速检测制种质量。筛选杂交种亲本间的多态性SSR引物,应用多态性引物鉴定棉铃种仁的指纹图谱,指纹图谱与种皮一致,表明该棉铃为自交铃;种仁图谱为共显性谱带,则该棉铃为杂交铃,计算杂交铃的比例得出杂交种的制种纯度。F2的图谱分离验证了遗传的分离规律,F2的个体间具有不同的指纹图谱,育种过程中的杂交后代的分子检测能加速育种进程。