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为明确菠萝蜜黑腐病的病原菌和分类地位,本研究从海南保亭地区采样,经过田间调查、菌株分离纯化和致病性鉴定,以形态学特征为基础,结合病原菌的ITS序列和EF1-α序列,联合两基因建立系统发育树,最终鉴定该病害的病原.结果 显示:病原菌LTHD006菌丝生长速度快,初期白色絮状,较薄,后期菌丝开始变黑,菌落也开始致密,且与Lasiodiplodia theobromae (ID:CBS175.26)聚为一个分支,支持率为100％,最终将菠萝蜜黑腐病的病原菌鉴定为可可毛色二孢(Lasiodiplodia theobromae).该病害在国内为首次简略报道,研究结果为菠萝蜜黑腐病发病规律和防治的进一步研究提供理论基础.