为了探讨穿心莲转录组中SSR位点信息及其所在基因的生物学功能,并为开发穿心莲分子标记奠定基础,该研究以穿心莲转录组测序获得的43 683条Unigene为对象,采用Micro SAtellite(MISA)软件分析其中的SSR位点信息,并利用Primer3.0软件对符合鉴定要求的SSR基元设计引物和进行初步验证,同时用Blast软件对含SSR的Unigene进行功能分析。结果显示,在穿心莲转录组中共搜索到14 135个SSR位点,分布于9 973条Unigene中,SSR位点出现频率为32.36%。二核苷酸和三核苷酸是SSR序列中最主要的重复类型,共占SSR总数的75.54%。SSR所包含的重复基元中,AT/AT和CCG/CGG分别是二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元类型。通过设计、筛选,共获得4 740对具有潜在多态性的SSR引物组合,随机挑选的20对引物中有10对可以扩增出与预期大小吻合的条带。通过基因功能注释发现,含SSR的Unigene主要与穿心莲的基础代谢功能相关。以上结果表明,穿心莲转录组中SSR位点出现频率高、类型丰富、多态性潜能较高,同时SSR序列的功能分析也为穿心莲功能基因的定位研究和分子标记辅助育种提供了有利参考。