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由于传统红茶菌发酵过程中,微生物的种类及数量随时间延长而不断变化,导致红茶菌发酵液代谢产物难以控制。采用高通量测序技术对发酵7 d的传统红茶菌进行宏基因组测序,获得65771178个clean reads数据,经拼接组装,获得93449个Unigene片段。以BLAST(E-value<1.0e-5)将Unigene对NR、KEGG数据库进行比对,与NR库比对共65515个Unigene得到注释信息,再将得到的注释信息根据GI(Gen Info Identifier)与物种分类的关系得到物种分类信息,分为细菌、真菌2个界,细菌界占96.57%,真菌界占3.40%,细菌的主要优势菌种是Gluconacetobacter sp.SXCC-1(29.17%)、Komagataeibacter medellinensis(7.84%)、Komagataeibacter xylinus(7.58%),真菌的优势菌种是Brettanomyces bruxellensis(1.86%);与KEGG数据库比对,共47234个Unigene注释到KEGG的代谢通路中,分属338类代谢通路,其中有2475个Unigene参与氨基酸代谢过程,307个属于次生代谢途径。序列已提交至Gen Bank数据库,登录号SRP103682。利用宏基因组技术将传统红茶菌中的微生物鉴定到"种"的水平,同时了解红茶菌微生物群落的代谢机理,可以更有效地控制红茶菌的发酵进程。