病毒是一类个体微小、结构简单，必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的非细胞型微生物，它们广泛分布在我们的周围。虽然小小的病毒，我们看不见，也摸不着，但是由它们引发的疾病却不时在出现，感冒、流感、手足口病、禽流感、SARS等等，这些疾病都是由病毒引起的。中药连花清瘟胶囊之所以能有效治疗这些疾病，是建立在具有强大的广谱抗病毒作用基础上的，这些作用得到了我国权威科研机构的证实和医学界的广泛认可。
　　抗呼吸道常见病毒
　　中国中医科学院中药研究所对连花清瘟胶囊进行了体外抗病毒实验，证实连花清瘟胶囊对甲型H3N2流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、单纯疱疹病毒等均显示出一定的抑制作用，对甲型H3N2流感病毒、副流感病毒Ⅰ型、呼吸道合胞病毒抑制作用最强。在预防甲型H3N2流感病毒的研究中发现，连花清瘟胶囊效果优于抗病毒药利巴韦林。
　　抗甲型H1N1流感病毒
　　广州医学院第一附属医院呼吸疾病国家重点实验室进行了连花清瘟胶囊防治甲型H1N1流感病毒FM1感染小鼠的实验研究（FM1是感染H1N1病毒后在人身上分离出来的，并可适用于感染动物的H1N1毒株），结果显示连花清瘟胶囊可平衡机体免疫状态，以减轻FM1流感病毒引起的小鼠肺部炎性损伤，能显著改善流感病毒引起的小鼠肺炎症状及延长生命率，对甲1型流感病毒感染小鼠有死亡保护作用，对病毒性感冒显示了较好的疗效。
　　以首都医科大学附属佑安医院为组长单位，联合河南省传染病医院、湖南省疾控中心，沈阳市、成都市、济南市传染病医院等九家甲型流感收治医院，进行了连花清瘟与西药抗病毒药达菲对照治疗甲型H1N1流感循证医学研究。结果证实：连花清瘟病毒转阴率与达菲相当，退热时间优于达菲，缓解咳嗽、肌肉酸痛、乏力、头痛等症状均明显优于达菲，用药安全性高，而且价格低廉，仅为达菲的八分之一。
　　抗禽流感病毒
　　中国农业科学院农业部动物流感重点开放实验室对连花清瘟胶囊进行了杀灭禽流感病毒实验，结果表明，每毫升含0.1克～0.25克生药的浓度范围内与禽流感病毒作用10分钟，对病毒的杀灭率可达99.99%，有显著的杀灭病毒作用；在0.5克～1克生药的浓度范围内与禽流感病毒作用10分钟，对病毒的杀灭率可达到100%，有完全杀灭病毒的作用。
　　抗手足口病病毒
　　中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所科研人员，用连花清瘟颗粒药液进行杀灭肠道EV71病毒实验，结果证明连花清瘟颗粒在0.023～0.72mg/ml的浓度范围内，具有明显抗EV71病毒的作用，表明连花清瘟颗粒对手足口病具有治疗作用。
　　抗SARS病毒
　　国家权威P3实验室在北京SARS流行期间从患者肺组织中分离出SARS病毒BJ01株和Vero-E6细胞，进行了连花清瘟胶囊体外抗病毒作用的研究。结果表明，连花清瘟胶囊药物浓度大于0.09mg/ml时，可明显抑制SARS病毒。