选取1998～2009年福建省不同地区番鸭中分离到番鸭呼肠孤病毒分离株中具有代表性的10株,用RT-PCR技术扩增其S1和S4基因的功能区片段,进行序列测定。序列分析表明所扩增的S1基因的目的片段为819bp,S4基因目的片段为992bp。参照国内外已发表的部分毒株S1和S4基因序列,构建番鸭呼肠孤病毒的遗传进化树,分析遗传进化关系。国内各分离株S1基因同源性为92.2%～96.7%,与国外89026株同源性为88.5%～92.8%,与禽呼肠孤病毒S1133株同源性为76%～78%。国内各分离株S4基因同源性为95.2%～99.3%,与国外89026株同源性为92.3%～94.5%,与禽呼肠孤病毒S1133株同源性为21.2%～21.5%。通过遗传进化树可以看到MDRV与同属的ARV序列形成了2个大分支,而MDRV序列分为2个小分支:一支为10株分离株和国内分离株,说明国内分离株没有明显差异;一支为国外分离株89026株,这说明国内分离株与国外毒株存在地域差异。