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可持续发展系统作为开放的复杂巨系统，传统的还原论的研究方法不能更为贴切分析和演绎其发展过程。在分析综合集成方法的特点和优势基础上，分析了可持续发展系统传统研究方法的不足，阐明了综合集成方法在可持续发展系统的研究中具有决策系统性、知识广泛性和学科综合性等优势，更有利于全面、深入研究可持续发展系统。