金粟兰具有重要观赏与药用价值,从原植物的叶片形态与显微特征等传统手段对金粟兰与其易混淆的同属近源种进行准确鉴别存在一定难度,缺乏规范化标准化方法。为建立金粟兰与其易混淆的同属近源种的分子鉴定方法,利用PCR技术获取来源于福建不同居群的6个受试金粟兰样品的ITS序列,并提交至GenBank核酸数据库,运用其提供的BLAST工具进行同源搜索,获得金粟兰及10个同属近源种各1个ITS序列,共11个ITS序列,应用ClustalX 2.1软件进行SNP鉴别位点分析,并应用MEGA 5.0软件计算种内种间(K 2P)遗传距离和构建邻接(NJ)系统聚类树。结果显示,金粟兰具有2个特有的SNP鉴别位点;受试6个金粟兰样品的种内遗传距离在0~0.005之间,而金粟兰与其同属近源种的种间遗传距离在0.027~0.105之间,种内遗传距离远小于种间遗传距离;NJ系统聚类树结果表明,7个金粟兰样品单独聚为一类,与其他10个近源种没有交叉,也显示金粟兰与同属的及已、宽叶金粟兰、台湾金粟兰、四川金粟兰4个近源种在进化上比较靠近,更容易混淆,需注意鉴别。本研究在分子水平进一步确认受试6个金粟兰样品属金粟兰(Chloranthus spicatus)种,也为金粟兰的准确鉴定提供特异SNP位点及遗传距离与聚类方面的依据。结果也表明,ITS序列适用于金粟兰与其10个近源种之间的鉴别。