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关于命门的部位、实质与功能问题，文献记载不一，历代医家各抒己见，众说纷纭。我们综考历代文献，认为命门问题虽很复杂，不外上、中、下三个部位、四个据点。上部的据点是两目中央的脑心，内在物质为元神之府的脑；中部的据点是心下，内在物质为心包络（心系、小心）；下部分前后两个据点：后者为十四椎下，内在物质为两肾之间的肾系；前者为脐下二寸，内在物质为胞宫（精室）。这三个部位、四个据点，是相互联系、相互贯通的。而这种联贯，有的属于经脉，有的属于脏器。