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以１５个我国生产上常用的玉米自交系为试验材料，采用表型性状、杂种优势和ＲＡＰＤ分子标记三种聚类分析方法对玉米自交系的组群划分进行了比较研究。结果表明，表型聚类因以表型性状为依据，受环境影响较大，其聚类结果与实际系谱来源出入较大。与表型性状聚类相比，杂种优势聚类与已知系谱来源更接近。ＲＡＰＤ分子标记，具有标记性状数量较多，不受生长发育时期限制和环境影响，无功能性表型效应，无上位及多效作用等诸多优点，其聚类结果与已知系谱符合率较高，反映出的类群关系比较可靠和真实