我国户籍制度改革是经济利益而非公平、公正在起主导作用,因此着眼于权利配置与利益分配的新政治经济学更适合指导其改革。从演化逻辑来看,户籍制度改革是政治经济系统的需求驱动并带有利益协调的特征,改革进展是经济主体之间的博弈结果。在利益分化的背景下,户籍制度改革过程中经济主体的利益需求具有异质性特征,其行为博弈不存在"帕累托的最优解"。因此,我国户籍制度改革就需要以公平、正义的逻辑来重组户口背后的利益格局与权利配置,具体包括:以权利配置、利益重组为价值取向,以城镇基本公共服务均等化为重点内容,以省会城市、直辖市等大城市的户籍为重点对象,以合理引导区域之间与城市之间的差异化利益、取消历史累积的不合理利益为补充,保障农民工等流动人口在农村的相关权益,并构建中央政府主导、地方政府联动的驱动模式。