高通量测序技术检测新生儿坏死性小肠结肠炎患儿微小RNA的差异表达

来源 :中华围产医学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:chao_huang
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目的

探讨新生儿坏死性小肠结肠炎(necrotizing enterocolitis,NEC)患儿微小RNA(microRNA,miRNA)的差异表达情况及其意义。

方法

收集2014年10月至2015年11月在广州市妇女儿童医疗中心确诊为Bell分期Ⅱ期及Ⅱ期以上的NEC患儿25例,同期非NEC新生儿25例作为对照组。取外周血提取白细胞。随机选取对照组与NEC组各5例的标本,用Illumina二代高通量测序技术进行测序,筛选出有差异的miRNA,并进行靶基因预测及生物学功能分析。其余标本采用实时荧光定量-聚合酶链反应技术检测差异表达的miRNA的相对表达量,验证上述高通量测序的结果。应用DEGseq软件对2组数据的miRNA进行差异表达分析统计。P<0.05为差异有统计学意义。以P<0.01,q<0.001,丨Log2 Ratio丨≥1作为差异表达的筛选标准。采用MeV4.6软件对NEC组与对照组差异表达的miRNA进行聚类分析。

结果

NEC组与对照组有482个miRNA表达差异有统计学意义(P<0.05),其中126个为已知显著差异表达的miRNA,其中上调58个,下调68个。表达上调的hsa-miR-223-5p、hsa-miR-183-3p和hsa-miR-222-5p,以及下调的hsa-miR-23b-5p、hsa-miR-150-5p、hsa-miR-146a-3p和hsa-miR-1298-5p的验证结果与测序结果相符。生物信息学分析发现,在NEC患儿中有显著差异的miRNA的靶基因参与Toll样受体信号转导通路、丝裂原活化蛋白激酶通路、JAK-STAT等信号转导通路的调节。

结论

NEC患儿外周血白细胞miRNA表达存在显著差异,这些miRNA可能通过调节不同靶基因来调控相关信号通路参与NEC的发生和发展。

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