针对浓香型白酒大曲样本,以16S r RNA基因为目的片段,分别采用16S r DNA克隆文库法和高通量测序法分析大曲中细菌微生物群落的组成,并通过丰度和多样性分析,比较了两种方法在研究大曲样品细菌多样性方面的适用性。结果表明,在门、纲、目、科和属的分类水平上,克隆文库方法检测大曲样本微生物得到4个门,4个纲,5个目,4个科,6个属;高通量测序得到13个门,22个纲,33个目,61个科,133个属。在门的水平上,克隆文库与高通量测序检测出优势类群的总数量与总丰度分别为3个(99.32%)和4个(98.61%),共有优势类群及其丰度分别为Firmicutes(88.88%和79.32%)、Proteobacteria(7.8%和15.04%)、Actinobacteria(2.72%和1.77%)。重复样本分析,得出的结果相似。克隆文库法与高通量测序法在反映样本微生物群落规模上差异较大,而在反应大曲样本中主要微生物的物种组成及数量比例上结果相近,特别是样本中优势微生物类群的结果基本相同。两种方法各具优势。