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专职抗原提呈细胞通过特殊受体摄取外源性抗原并内化抗原，是抗原提呈的第一步，此俘获抗原的过程表现出选择特异性。在MHCⅠ类途径中，胞内含LMP2和LMP7的蛋白酶体加工抗原同样是选择性切割肽链的特定部立，表现出高度的氨基酸残基指向性；而在肽分子运输过程中，TAP的转运也对肽的氨基酸组成类型数量和肽分子立体构型等有较为严格的要求，以适应Ⅰ类分子的结合位点。这些因素对抗原的提呈效果产生很大的影响。同时还存在一些细胞因子和其它物质在影响和干扰着抗原提呈的各个环节。