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基因表达式编程( GEP)是一种进化算法,存在局部极小问题,解决此问题的一般方法是保持进化过程中种群的差异度.为了保证进化过程中种群的差异度,文中提出一种融合种群空间和样本空间的种群差异度度量方法.并基于此融合种群差异度度量方法,提出差异控制的GEP进化算法.同时在初始种群生成时,针对GEP结构的特殊性,将敌手理论应用于GEP种群初始化.实验结果表明文中算法能较有效避免过早陷入局部极小.