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公益类科研机构的非营利性给其创新绩效评价带来了困难和挑战。目前学术界还没有形成一套普遍认可、相对标准化、性能比较稳定的公益类科研机构创新绩效评价指标体系。本文在阐述公益类科研机构创新绩效评价特殊性的基础上，分析影响公益类科研机构创新绩效的影响因素，提出要依托平衡记分卡框架，要从公益类科研机构创新投入、业绩以及能力等方面着手，构建公益类科研机构创新绩效评价指标体系。