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【目的】基于西瓜全基因组重测序数据,挖掘SNP位点并将其转变为CAPS标记,构建遗传连锁图谱,对西瓜果实与种子相关性状进行QTL分析,为西瓜果实与种子相关性状主效基因精细定位及克隆奠定理论基础。【方法】以普通栽培西瓜品系（Citrullus lanatus ssp.vulgaris）‘W1-1’和黏籽西瓜品系（Citrullus lanatus ssp.mucosospermus）‘PI186490’为亲本杂交获得F1代,以‘W1-1’为轮回亲本,构建BC1P1群体。采摘成熟果实,对每个西瓜果实中心及边缘可溶性固形物、中心及边缘果肉硬度、种子百粒重、种皮底色进行调查及数据分析。对亲本材料进行覆盖度约为20×的全基因组重测序,用BWA、SAMTOOLS及VCFTOOLS等软件比对并检测亲本材料在全基因组范围内的SNP位点。运用SNP2CAPS软件选择7种在西瓜基因组上具有丰富酶切位点的限制性内切酶,对包含SNP位点的序列进行酶切位点分析,转化CAPS标记。选取全基因组范围内均匀分布的450个CAPS分子标记,筛选多态性CAPS标记,对BC1P1群体内225株分别进行基因分型,使用QTL Ici Mapping及Windows QTL Cartographer V2.5等软件进行遗传图谱的构建和西瓜果实与种子相关性状的QTL分析。【结果】在两亲本间共获得SNP位点751 532个,根据7种限制性内切酶位点信息共开发了450个CAPS分子标记,筛选出其中具有多态性的200个CAPS标记,在225株BC1P1群体构建一张包含11个连锁群（分别对应11条染色体）的遗传连锁图谱,覆盖长度1 376.95 c M,标记间的平均遗传距离为6.88 c M。QTL分析定位到与果实与种子相关性状QTL位点15个,其中包括中心可溶性固形物含量相关位点3个（CTSS2.1、CTSS2.2、CTSS8.1）;边缘可溶性固形物含量相关位点1个（ETSS2.1）;中心果实硬度相关位点3个（CFF6.1、CFF6.2、CFF8.1）;边缘果实硬度相关位点2个（EFF6.1、EFF6.2）;种皮底色相关位点4个（SCC8.1、SCC8.2、SCC8.3、SCC8.4）;种子百粒重相关位点2个（SHW6.1、SHW9.1）。15个QTL位点的贡献率范围为5.25%—74.59%,贡献率大于15%的位点有5个（CTSS8.1、SCC8.1、SCC8.2、SCC8.3、SCC8.4）。【结论】共开发出SNP位点751 532个,QTL分析检测到西瓜果实与种子相关性状QTL位点15个,其中主效QTL位点5个,分别为果实中心可溶性固形物及种皮底色相关位点（CTSS8.1、SCC8.1、SCC8.2、SCC8.3、SCC8.4）,为进一步精细定位及克隆西瓜果实与种子优良性状基因奠定了基础。