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健康仔猪肠道存在正常微生物群（normal microbiota），主要是通过产道时获得了母体的微生物，并在生长环境中进一步接触了各种微生物，经过相互适应和选择，一些特定的微生物在肠道内定植。研究显示，新生仔猪出生24h胃肠内已定植了乳酸杆菌、双歧杆菌、肠球菌、大肠杆菌、消化球菌、拟杆菌和酵母等，8～22日龄时形成以乳酸杆菌、双歧杆菌、拟杆菌、大肠杆菌和消化球菌为优势菌的定型菌群。