海军总医院消化内科建于1977年，现有工作人员49名，其中医生15名，护士30名，技师4名。科室由门诊、病区、内镜中心和胃肠功能检查室组成。门诊设有普通门诊2个、专家门诊2个、专病门诊1个。2014年门诊量62000余人次，近6年门诊量增长90.8%，被国家批准为全国胃食管反流病门诊和全国脂肪肝门诊。门诊的医师均为教授、副教授或具有至少5年以上资历的主治医师。治疗病种包括食管疾病、胃肠疾病、胆胰疾病、肝疾病及部分消化系统疑难病。病区由普通病房和重症监护单元组成。病区编制床位60张，其中普通病房48张、重症监护单元12张，2014年收容量2541人次，6年增幅157.97%。收治病种主要有食管疾病、胃肠疾病、胆胰疾病及肝疾病。重症单元主要收治重症急性胰腺炎、消化道出血、肝硬化失代偿期、急腹症、重症肝炎等消化系急重症以及内镜下大手术后病种，配备有各种抢救设施，设有独立空间，充分保证患者安全及隐私。内镜中心由候诊区、输液室、内镜检查室、洗消间、储镜室及恢复室组成。配备有电子胃镜、电子肠镜、十二指肠镜、小肠镜、超声内镜、胶囊内镜、海博刀、全自动洗消机等内镜检查治疗设备及相应配套措施。常规开展各种内镜检查及内镜下治疗，如内镜下消化道肿瘤切除术、内镜下息肉氩气治疗及电凝电切术、内窥镜下胃造瘘术及内镜逆行胰胆管造影术等。每年检查治疗16000余例。消化内镜胃肠功能室配有ManoScan高分辨率食管测压设备、Digitapper型24hrpH-Z记录仪、13C呼气、氢呼气等检查设备，常规开展高分辨率食管测压、直肠肛管测压、24 h pH/阻抗监测、13C呼气、氢呼气等检查，使消化道功能得到正确评估。胃肠功能年检查量约5100例。