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通过对杨树沟钼矿矿区地质特征和成矿物质来源的分析，认为矿体主要受北西向汤河断裂及其次级的裂隙系统控制，矿化类型以含钼石英细脉、辉钼矿微细脉为主，矿石主要为叶片状、鳞片状结构，细脉状构造。矿体围岩中富含Cu、Pb、Zn等元素，推测为成矿提供了物质来源；矿床硫、铅同位素特征表明区内成矿物质主要来源于岩体重熔，部分来自于古老地层。