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生物免疫机制的模拟与实现对复杂系统的健康状态监控有重要的现实意义。分析了免疫的机制和特点,构建了基于多Agent的分布式免疫机制模拟结构模型,并给出了免疫Agent的逻辑结构模型,模拟生物免疫机制对故障进行监测、诊断和学习。在此基础上以一实际的柔性制造系统为背景进行了应用研究,给出了故障识别及其影响评估方法,可作为系统协调控制的依据,仿真试验表明该方法是有效可行的。