通过田间小区试验,比较了施肥处理对烤烟产质量、黑胫病以及根际微生物代谢功能多样性的影响。结果表明:在化肥减量的条件下,配施生物有机肥能获得与常规化肥处理(T1)相近或更高的产量和产值,并显著提高了烤烟的上等烟比例,减轻黑胫病的危害。其中,以化肥减量20%配施0.3 kg/m2生物有机肥(T3)处理表现最好。随着生物有机肥施用量的增加,烤烟根际细菌、放线菌数量、微生物碳源利用强度、Shannon指数和McIntosh指数均呈现增加的趋势。与T1相比,T3处理的根际放线菌数量和碳源利用强度分别增加了112.6%、24.3%,并且McIntosh均匀度指数增加了17.5%。主成分分析表明,施用生物有机肥明显改变了烤烟根际微生物的群落功能,相对于糖类和酚类,氨基酸类、羧酸类、聚合物类、胺类的代谢对生物有机肥的施入更为敏感。与其他两个处理相比,T3处理明显提高了烤烟根际微生物对氨基酸类、酚类碳源的利用能力。