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早在20世纪初，Chagas和Carinii就首次从感染克氏、路氏锥虫的豚鼠肺组织和大鼠肺组织中发现肺孢子虫，数年后，Delano夫妇进一步证实它是一种新的病原体，并为纪念Carinii学者而将其命名为卡氏肺孢子虫（Pneumocystis carinii）。到了20世纪50年代，Vanek和Jirovec首次从人类肺炎患者尸解的肺组织中分离到该病原体，并将该病命名为卡氏肺孢子虫肺炎（Pneumocystis carinii pneumonia,PCP）。