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水质环境监测在防治水污染、制定水环境标准方面发挥重要作用。水质监测质量保证是一种保证监测数据准确可靠的手段，是整个监测过程的重要环节。在水质环境监测中，水中微生物的检测是一项重要内容。本文从水质监测微生物样品采集、实验室检测系统、水质微生物样品检测中、结果评价系统等方面对水质环境监测中微生物检测的质量控制进行了论述分析，以供相关从业人员借鉴参考。