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《山海经》记载了丰富的中医学知识,堪称我国古代第一部中医学著作,是研究上古时代医学的宝贵资料,对后世中医学著作的影响巨大。我国现存最早的药物学专著《神农本草经》中一些药物的特点和疗效的记载源自《山海经》;《本草纲目》中所载诸多药物的习性和药用价值与《山海经》记载相合;《山海经》中多种疾病名称为《黄帝内经》所采用,张仲景《伤寒杂病论》的内容具有《山海经》记载的影子。