目的 探究应用DNA条形码技术对鼠疫宿主动物进行分子鉴定的可行性.方法 采集内蒙古自治区锡林郭勒高原布氏田鼠鼠疫自然疫源地内的7种啮齿动物,包括布氏田鼠、达乌尔黄鼠、达乌尔鼠兔、蒙古毛足鼠、五趾跳鼠、长爪沙鼠和大沙鼠,提取肝脏组织,进行线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ （CO Ⅰ）基因序列分析,用MEGA 5.0软件计算GC含量,通过双参数（Kimura-2-parameter,K2P）模型计算遗传距离,采用邻接法（Neighbor-Joining,NJ）构建系统发育树.结果 共获得61条CO Ⅰ基因序列片段,每条序列长度657 bp.五趾跳鼠、布氏田鼠、长爪沙鼠、达乌尔鼠兔、蒙古毛足鼠、大沙鼠、达乌尔黄鼠的GC含量分别为（46.945±0.109）％、（43.836±0.000）％、（40.313±0.084）％、（47.514±0.073）％、（41.838±0.073）％、（40.335±0.000）％、（39.467±0.032）％,除大沙鼠和长爪沙鼠的GC含量组间比较差异无统计学意义（P＞ 0.05）,其他各鼠种的GC含量组间比较差异均有统计学意义（P均＜ 0.05）.上述7个鼠种在第1位密码子处GC含量分别为（57.534±0.000）％、（55.251±0.000）％、（54.338±0.000）％、（57.078±0.000）％、（55.308±0.057）％、（53.881±0.000）％、（56.164±0.000）％,除布氏田鼠和蒙古毛足鼠的GC含量组间比较差异无统计学意义（P＞ 0.05）,其他各鼠种的GC含量组间比较差异均有统计学意义（P均＜0.05）;上述7个鼠种在第3位密码子处GC含量分别为（40.835±0.328）％、（33.790±0.000）％、（24.136±0.253）％、（43.455±0.218）％、（27.740±0.207）％、（24.201±0.000）％、（19.772±0.097）％,除大沙鼠和长爪沙鼠的GC含量组间比较差异无统计学意义（P＞0.05）,其他各鼠种的GC含量组间比较差异均有统计学意义（P均＜0.05）.各鼠种的种内平均遗传距离为0.003,种间平均遗传距离为0.234 8,NJ系统发育树能清楚的区分7个不同的类群.结论 应用DNA条码技术检测COⅠ基因,可以对内蒙古布氏田鼠疫源地的鼠疫宿主动物进行鉴别,同时可为形态鉴别提供佐证数据。