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肠道菌群组成和结构的变化与自身免疫性甲状腺疾病(AITD)发生发展有关,当肠道菌群失调破坏肠道黏膜屏障功能,耶尔森菌、双歧杆菌、乳杆菌、幽门螺杆菌等菌属某些特定菌株蛋白与TSH-R、TPO、TG等具有相似的氨基酸序列,透过肠道黏膜屏障进入血液,并通过分子模拟等机制打破免疫耐受状态引起针对甲状腺的自身免疫反应,从而诱发AITD;而分节丝状细菌、普雷沃菌、直肠真杆菌等菌属可能通过影响Th17/Treg轴诱导或加重AITD。