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执政党十七大政治报告提出探索实行职能有机统一的大部门体制之后，国内学术界和舆论界关于大部门体制的探讨急剧升温，社会公众对今年“两会”之后的国务院及地方机构改革寄望甚高。但是，大部门体制改革绝不等同于以往历次政府机构改革，其根本原因在于，大部门体制涉及的不仅是机构之间的合并，更深层次的还有政府组织结构和运行机制的深刻变革。
从发达市场经济国家的政府管理发展史来看，现代政府大部门体制经过了一个发展和逐步完善的过程。在自由市场经济时期，西方国家政府部门普遍较少。20世纪40年代之后，随着西方国家福利国家的进程，政府从事公共服务的机构剧增，为解决部门过多、协调困难、成本较大的弊端，西方国家普遍开始整合公共服务部门，实施“大部门体制”。20世纪70年代末期，为进一步提高政府服务质量，增强政府对公众的回应性，西方国家又开始对大部门的运作机制进行深刻变革，采取了决策与执行分开、公共服务宪章、问责等等方式，从而最终形成了现代政府大部门体制。因而，大部门体制不是单纯的机构整合，而是一场综合变革。
与计划经济体制下按产品门类实施计划管理的方式相适应，中国政府部门体制沿用的是从前苏联承袭过来的“小部门体制”，这一体制从外观上看是政府部门林立、分工过细，政府机构最高时达100个左右；从运作机制上看，这一小部门体制采取的是部门首长集权、行政官僚决策、决策与执行不分、执行结果缺乏评估、管制导向等方式。在30年的改革开放过程中，对经济体制改革较为深入，对作为市场经济体制微观基础的企业改革较为深入，但是，对于行政管理体制改革则一直停留在机构撤并层面，还没有深入部门运作机制内部，没有从根本上动摇作为计划经济基础的传统政府部门体制。
传统政府部门体制的管理目标就是管制，其特征是重视审批，轻视服务。中国目前也有个别的超级部委，下辖30多个司局、100多个处；但这些超级部门却不是现代的“大部门”，因为它们的宏观管理职能和微观管理职能都很重，既管宏观、又管微观，且对微观管理兴趣浓厚，热衷于批钱批项目。而在大部门体制下，管理的目标是服务，因而大都最大限度地减少微观审批项目，并将必要的审批项目集中起来实行公开办理。
中国实施大部门体制改革，其实质是从根本上改革适应计划经济体制的传统政府部门体制，要在对政府机构实行职能有机整合和机构有机整合的基础上，进行政府部门运行机制的深刻变革，建立适应服务型政府、责任政府、法治政府要求的现代政府大部门体制。
部委的内部组织形式将发生大变化
大部门体制的一个显著外部特征就是政府组织形式的多样化，会出现多种部门组织层级模式，如部－政策核心司－执行局模式、部－政策核心司模式、部－政策核心司－执行局与非政府公共组织并存模式、部－政策核心司(控股公司)－事业部(管理处)模式、部－执行局、部一管理局模式等等；同时，还出现了多种行政组织形式，如非政府公共组织、执行局、管理处、契约局、特别管理局、独立法人等。大部门设立之后，中国部委的内部组织形式也将发生很大变化，在现有的以部－司－处为主要层级形式的模式之外，将出现部－管理局－处、部－执行局等层级形式。大部门之中，由原来的独立部门合并的内部管理局或执行局将保持一定的相对独立性，在这些相对独立的管理局、执行局与决策司之间，如何建立协调和内部沟通的机制，是一个非常现实的问题。
中国传统的政府部门协调机制是部长负责制、部务会议制度或党委会议制度。在设立大部门之后，为更好地兼顾管理局或执行局的相对自主权力，可在部长负责制与部长办公会议制度的基础上，建立类似于理事会制的协调机制，由部长、决策司负责人、管理局与执行局负责人共同组成大部门的議事协调中枢。
决策模式走出“禀议制”
大部制下，专家、公众、相关利益群体参与行政决策的途径如何保持畅通，需要认真解决。中国传统的部门决策模式是一种具有明显“禀议制”特征的决策模式，其运作流程是政府有关部门先通过自身行政层级研究和提出政策性文件草案，然后与相关部门沟通协商达成政策共识，再分别由政府首长签发或交人大审议通过颁布；这一决策机制实行单一行政部门决策，导致社会团体、专家、公众、相关企事业单位缺乏参与行政决策的法定、正式的渠道，公众参与、专家咨询难以形成有约束力的决策主体；而且，行政决策的信息收集、调查研究、方案设计、决断环节全部由行政机关的同一批人完成，在实践中，容易受本部门信息有限、调研不够、方案单一的影响，产生凭经验决策的问题，从而导致决策质量不高的问题；这一决策模式使决策权力高度集中到决策中枢机关，集中到行政首长，与此同时，决策风险也集中到决策中枢机关与行政首长；这一决策机制还导致决策在行政机关内部封闭式循环，不利于形成开放式的信息输入、监督与纠错机制。
实行大部门体制，最关键的是实现决策机制的根本转变，建立现代政府决策制度。发达国家在大部门管理中，普遍实行了决策咨询委员会和决策审议会制度。如美国1972出台《联邦咨询委员会法》，规范了政府部门的咨询委员会制度；法国的经济与社会委员会，由经济界和社会团体的代表和专家组成，有关经济和社会性质的法律草案及计划，政府必须征求经济与社会委员会的意见；日本政府“审议会”成员由首相和各省厅首脑任命的各界知名人士组成，多为各种利益集团的代表，政府各省厅起草法案时，有关审议会也同时召开会议，对法案进行审议并提出修改意见。在实施大部门体制的过程中，中国可借鉴西方国家现代政府决策制度的形式，完善政府决策咨询委员会制度和决策审议会制度。在大部门中设立决策审议会制度，审议会委员由专家、社会公众和相关利益群体成员组成。大部中的重要决策领域，要实行委员会制。
决策权与执行权相互监督和制约
大部门体制下，推行决策与执行分离，改革政策执行机制，是一条重要经验。目前，英国约有131个执行机构；美国约有56个独立机构和4个半官方机构；德国约有36个政府各部门直属的联邦高级机构与部门；新西兰共设立了79个独立皇家实体。
中国传统政府部门体制的一个显著特征就是决策职能与执行职能不分，行政决策的主体同时也是行政执行的主体，决策职能与执行职能由同一个机关、同一批公务员来完成。在实践中，公务员在进行决策时，容易受到本部门利益和自身利益的干扰，导致部门间协调困难，使需要多部门决策的事务决策缓慢、效率不高，一些经济调节与社会调控急需的政策不能及时出台，导致屡屡错过进行经济社会调节的最佳时机。
推行大部门体制，就要同时推进决策职能与执行职能的分开，实现决策权、执行权、
从发达市场经济国家的政府管理发展史来看，现代政府大部门体制经过了一个发展和逐步完善的过程。在自由市场经济时期，西方国家政府部门普遍较少。20世纪40年代之后，随着西方国家福利国家的进程，政府从事公共服务的机构剧增，为解决部门过多、协调困难、成本较大的弊端，西方国家普遍开始整合公共服务部门，实施“大部门体制”。20世纪70年代末期，为进一步提高政府服务质量，增强政府对公众的回应性，西方国家又开始对大部门的运作机制进行深刻变革，采取了决策与执行分开、公共服务宪章、问责等等方式，从而最终形成了现代政府大部门体制。因而，大部门体制不是单纯的机构整合，而是一场综合变革。
与计划经济体制下按产品门类实施计划管理的方式相适应，中国政府部门体制沿用的是从前苏联承袭过来的“小部门体制”，这一体制从外观上看是政府部门林立、分工过细，政府机构最高时达100个左右；从运作机制上看，这一小部门体制采取的是部门首长集权、行政官僚决策、决策与执行不分、执行结果缺乏评估、管制导向等方式。在30年的改革开放过程中，对经济体制改革较为深入，对作为市场经济体制微观基础的企业改革较为深入，但是，对于行政管理体制改革则一直停留在机构撤并层面，还没有深入部门运作机制内部，没有从根本上动摇作为计划经济基础的传统政府部门体制。
传统政府部门体制的管理目标就是管制，其特征是重视审批，轻视服务。中国目前也有个别的超级部委，下辖30多个司局、100多个处；但这些超级部门却不是现代的“大部门”，因为它们的宏观管理职能和微观管理职能都很重，既管宏观、又管微观，且对微观管理兴趣浓厚，热衷于批钱批项目。而在大部门体制下，管理的目标是服务，因而大都最大限度地减少微观审批项目，并将必要的审批项目集中起来实行公开办理。
中国实施大部门体制改革，其实质是从根本上改革适应计划经济体制的传统政府部门体制，要在对政府机构实行职能有机整合和机构有机整合的基础上，进行政府部门运行机制的深刻变革，建立适应服务型政府、责任政府、法治政府要求的现代政府大部门体制。
部委的内部组织形式将发生大变化
大部门体制的一个显著外部特征就是政府组织形式的多样化，会出现多种部门组织层级模式，如部－政策核心司－执行局模式、部－政策核心司模式、部－政策核心司－执行局与非政府公共组织并存模式、部－政策核心司(控股公司)－事业部(管理处)模式、部－执行局、部一管理局模式等等；同时，还出现了多种行政组织形式，如非政府公共组织、执行局、管理处、契约局、特别管理局、独立法人等。大部门设立之后，中国部委的内部组织形式也将发生很大变化，在现有的以部－司－处为主要层级形式的模式之外，将出现部－管理局－处、部－执行局等层级形式。大部门之中，由原来的独立部门合并的内部管理局或执行局将保持一定的相对独立性，在这些相对独立的管理局、执行局与决策司之间，如何建立协调和内部沟通的机制，是一个非常现实的问题。
中国传统的政府部门协调机制是部长负责制、部务会议制度或党委会议制度。在设立大部门之后，为更好地兼顾管理局或执行局的相对自主权力，可在部长负责制与部长办公会议制度的基础上，建立类似于理事会制的协调机制，由部长、决策司负责人、管理局与执行局负责人共同组成大部门的議事协调中枢。
决策模式走出“禀议制”
大部制下，专家、公众、相关利益群体参与行政决策的途径如何保持畅通，需要认真解决。中国传统的部门决策模式是一种具有明显“禀议制”特征的决策模式，其运作流程是政府有关部门先通过自身行政层级研究和提出政策性文件草案，然后与相关部门沟通协商达成政策共识，再分别由政府首长签发或交人大审议通过颁布；这一决策机制实行单一行政部门决策，导致社会团体、专家、公众、相关企事业单位缺乏参与行政决策的法定、正式的渠道，公众参与、专家咨询难以形成有约束力的决策主体；而且，行政决策的信息收集、调查研究、方案设计、决断环节全部由行政机关的同一批人完成，在实践中，容易受本部门信息有限、调研不够、方案单一的影响，产生凭经验决策的问题，从而导致决策质量不高的问题；这一决策模式使决策权力高度集中到决策中枢机关，集中到行政首长，与此同时，决策风险也集中到决策中枢机关与行政首长；这一决策机制还导致决策在行政机关内部封闭式循环，不利于形成开放式的信息输入、监督与纠错机制。
实行大部门体制，最关键的是实现决策机制的根本转变，建立现代政府决策制度。发达国家在大部门管理中，普遍实行了决策咨询委员会和决策审议会制度。如美国1972出台《联邦咨询委员会法》，规范了政府部门的咨询委员会制度；法国的经济与社会委员会，由经济界和社会团体的代表和专家组成，有关经济和社会性质的法律草案及计划，政府必须征求经济与社会委员会的意见；日本政府“审议会”成员由首相和各省厅首脑任命的各界知名人士组成，多为各种利益集团的代表，政府各省厅起草法案时，有关审议会也同时召开会议，对法案进行审议并提出修改意见。在实施大部门体制的过程中，中国可借鉴西方国家现代政府决策制度的形式，完善政府决策咨询委员会制度和决策审议会制度。在大部门中设立决策审议会制度，审议会委员由专家、社会公众和相关利益群体成员组成。大部中的重要决策领域，要实行委员会制。
决策权与执行权相互监督和制约
大部门体制下，推行决策与执行分离，改革政策执行机制，是一条重要经验。目前，英国约有131个执行机构；美国约有56个独立机构和4个半官方机构；德国约有36个政府各部门直属的联邦高级机构与部门；新西兰共设立了79个独立皇家实体。
中国传统政府部门体制的一个显著特征就是决策职能与执行职能不分，行政决策的主体同时也是行政执行的主体，决策职能与执行职能由同一个机关、同一批公务员来完成。在实践中，公务员在进行决策时，容易受到本部门利益和自身利益的干扰，导致部门间协调困难，使需要多部门决策的事务决策缓慢、效率不高，一些经济调节与社会调控急需的政策不能及时出台，导致屡屡错过进行经济社会调节的最佳时机。
推行大部门体制，就要同时推进决策职能与执行职能的分开，实现决策权、执行权、