目的基于数据挖掘分析冠心病及其并发症中显著差异表达的基因,整合中西药靶点数据库,筛选出联合用药的靶点及靶向的中西药,为临床治疗奠定基础。方法 (1)从GEO数据库搜集冠心病、心肌梗死及动脉粥样硬化的表达数据,采用python软件scipy模块单因素方差分析找寻在三种表型中表达显著差异的基因;(2)KEGG通路富集分析找到关键差异基因,用STRING网站和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(protein protein interaction,PPI)网络;(3)整合中西药数据库,筛选出联合用药的靶点及其药物。结果通过差异表达分析确认18个在三种表型中表达趋势一致且显著差异的基因,通路富集分析发现TLR4、CLEC4E、LAMP2显著富集在炎症相关的肺结核信号通路中(P=0.0195)。互作蛋白靶向药物分析结果表明,在Drug bank中共找到22种西药,其中2种药物作用于2个靶点,在TCMSP中共找到23味中药,其中11味中药作用于2个靶点。结论 TLR4,CLEC4E,LAMP2可作为冠心病及其并发症联合用药的靶点,研究结果将为药物作用效率的提高及临床上联合中西药治疗冠心病及并发症奠定基础。