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创新生态系统的治理是新时代我国高质量发展的题中应有之义,创新生态系统兼具生态特征与系统特征。政府自上而下的顶层设计和自下而上的公众参与相结合,是实现创新生态系统治理的有效进路。面向新时代高质量发展的要求,我国创新生态系统还存在区域发展不平衡、系统特征未成型、治理政策不集中等问题,可依据创新生态系统的特征和治理进路提出对策。