【摘 要】
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目的 分析诺如病毒山东株SD20191568全基因组序列,了解其基因组结构特点. 方法 取诺如病毒阳性者粪便,提取核酸.根据诺如病毒参考株序列设计引物,用RT-PCR分段扩增病毒全基因
【机 构】
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山东省疾病预防控制中心,山东省传染病预防控制重点实验室,山东济南250014;聊城市疾病预防控制中心;中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室
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目的 分析诺如病毒山东株SD20191568全基因组序列,了解其基因组结构特点. 方法 取诺如病毒阳性者粪便,提取核酸.根据诺如病毒参考株序列设计引物,用RT-PCR分段扩增病毒全基因组,经测序后进行核苷酸、氨基酸序列比对和系统进化分析. 结果 通过扩增获得SD20191568株接近完整的基因组序列,由7 470个核苷酸(nt)组成,在ORF1和ORF2分别属于GⅡ.P15和GⅨ.1基因型,SD20191568株在ORF1、ORF2和ORF3与GⅨ.1[GⅡ.P15]基因型参考株的核苷酸同源性分别是90.1％～98.8％、92.7％～98.8％和92.2％～97.3％.根据完整VP1核苷酸系统进化分析,来自GenBank的GⅨ.1型参考株分为6个基因群(ClusterA-F),SD20191568株与2016-2018年的毒株共同划分在F群,核苷酸同源性为97.2％～98.8％.通过衣壳区氨基酸比对,SD20191568株与F群参考株氨基酸序列相同,未发生变异. 结论 诺如病毒山东株SD20191568属于GⅨ.1[GⅡ.P15]型毒株,VP1区核苷酸与原型株差异较大,全长序列可为病毒的遗传进化研究、快速诊断试剂的研制及疫苗的设计提供参考.
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