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创新成为城市发展的重要驱动力，城市创新能力的本质是在动态环境下有效率地配置创新资源，提高创新绩效。基于效率视角，构建了城市创新能力的两阶段效率模型，并选取国内20个城市进行实证研究。在创新能力效果评价的基础上，借助非参数的超效率DEA 方法对创新能力进行了效率评价，并对两种评价结果进行了对比分析。结果表明：创新效率与投入产出规模无关；城市创新能力存在显著的阶段性差异，在创新成果产出和转化两个阶段表现出不同的效率。最后，提出了优化对策。