【摘 要】
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以口蹄疫病毒株AF72 RNA为模板,反转录并扩增目的基因,PCR纯化产物与pGEM T-Easy载体连接并转化JM109菌株,用凝胶电泳、PCR和SpeⅠ/SphⅠ双酶切法鉴定为阳性的重组质粒进行测
【机 构】
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中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室农业部畜禽病毒学重点开放实验室; 甘肃农业大学动物医学院;
【基金项目】
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国家“十一五”支撑计划项目(No.2006BAD06A06)
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以口蹄疫病毒株AF72 RNA为模板,反转录并扩增目的基因,PCR纯化产物与pGEM T-Easy载体连接并转化JM109菌株,用凝胶电泳、PCR和SpeⅠ/SphⅠ双酶切法鉴定为阳性的重组质粒进行测序。比对测序结果确定AF72 VP3的核苷酸序列,利用同源建模的方法建立AF72 VP3结构蛋白的3D结构,在此基础上,综合亲水性、可塑性、抗原指数以及表面可能性等参数预测AF72 VP3结构蛋白的B细胞抗原表位。分析表明,口蹄疫病毒VP1、VP2、VP3和VP4在核苷酸水平上的变异率是无差异的(P>0.05);而它们在氨基酸水平上的变异率差异显著(P<0.05)。该毒株与20株源于GenBank中的VP3氨基酸序列比对发现其保守区主要位于第1~24、24~35、36~42、45~56、65~122、124~172、177~210、211~219位。AF72 VP3结构蛋白三维空间结构可分为A、B和C 3个结构区域,蛋白呈现较规则的空间构象,其中18~23、30~44、60~75、113~124、130~142、193~220氨基酸区段是AF72 VP3结构蛋白可能的B细胞抗原表位区域,该结果将为进一步的FMDV多表位疫苗研究提供更有价值的参考信息。
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