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1895年8月17日，一份神秘的报纸开始在京城的官僚士大夫间流传。
这份报纸叫做《万国公报》，文章分为学校军政各类，形式与官府邸报相仿。报纸的稿件除转录其他报刊外，每期都有论说一篇，在这些文章里，作者大谈变法维新，宣传“富国”“养民”“教民”之法，同时也不乏对于开矿、铸银、制机器、造轮船、筑铁路、办邮政、立学堂、设报馆等新鲜事业的论述。
《万国公报》每两日一期，由京城发送邸报的人连同宫门抄分送给在京的官员们。最初，许多收到报纸的官员并不知此报的由来，有人揣测出自总理衙门，也有人揣测出自外国公使馆。后来，当人们得知这份报纸乃是出自南海馆（康有为在京寓址），而办报之人，就是之前曾在公车上书中大出风头的康有为师徒时，无不大为震惊。
当初，康有为以洋洋洒洒万余言阐述其变法主张的第四次上皇帝书被拒后，不由得深切体会到变法环境的艰难。他感到，那时国人虽然“敌忾心颇盛”，但却“懵于世界大势”，甚至中国的士大夫阶层对外国的政事风俗都了解太少，几乎可以说是一窍不通，而堂堂的京师却无人敢于创办报纸，以开通知识、更新风气。
在新政遥遥无期，而他心灰意懒，几乎要离京南归的时刻，康有为又被几位朋友以“变法还大有可为”劝留了下来。于是，为了提倡新学、开通风气，康有为便跟他的弟子梁启超、孟麦华等决定创办《万国公报》。
然而，当康有为下定主意后，一系列现实的问题也接踵而至：办报的资本从何而来？印刷设备从何而来？报纸刊出后又如何发送到各衙门的官员手上？
筹款
考虑之后，出身广东官宦望族的康有为决定每日自掏腰包，出白银二两，暂时维持着初期的经营。那时，根本没有购买印刷机器的财力，况且京城中人也从未听说过有这样的东西，只得从《京报》馆托用了一幅旧的粗木板雕印。报纸印出后，他们筹以薪金，央托发送《京报》的人，随宫门抄分送至在朝士大夫，报费则全部免收。
1895年8月《万国公报》的创办，对于康有为而言，仅仅是个开始。他说，中国风气，向来散漫，士大夫畏惧于“明世社会之禁”，“不敢相聚讲求”，所以风气转移极难。康有为认为，若要开风气、开知识，“非合大群不可，且必合大群而后力厚也，合群非开会不可”。因而，办报之外，并不满足的康有为还要在北京组建学会。
一月之后，每日发出的《万国公报》最高峰时已达三千张。康有为在《自编年谱》中说：“报开两月，舆论渐明，初则骇之，继亦渐知新法之益。”这时，康有为认为士大夫们耳目已通，组织学会的时机业已成熟。
按照设想，将要组建的强学会将会涉及报务、学务、选书等更多事务，所需经费必然是一个更为庞大的数目，这便成为困扰康有为的又一问题。《万国公报》创立之初，全部费用均由他一人捐款，后来虽有陈次亮、张君立等解囊相助，但“每期二金，积久甚多”，到当年八月时，康有为已是“尽典衣给之”，几无离京盘费。
为了筹集资金，康有为决定在京城士大夫间进行游说。于是，他开始频频发起“游宴”活动，试图通过宴会的方式结交朝中人物，并解释成立学会的构想。在他看来，在这个普遍缺乏教育的国家内，士大夫们是最能领导变法革新的一个阶层，他说：“变法本原，非自京师始，非自王公大臣始不可”。如果在外省设会，一个小小的地方官员就已轻易地阻止，甚至置组织者于死地，而在京城中发起学会不但并无此虞，还会“得登高呼远之势，可得四方响应”。
当时，与康有为往来较密的刑部员外郎沈增植、户部郎中陈炽等均力赞此举。尽管刚开始时，康有为连续三次的“游宴”都徒劳无益，但不久之后，这种筹款游说便大获成功。
1895年9月，康有为又与陈炽分头约请袁世凯、杨锐（内阁中书）、丁玄钧、沈增植、沈曾桐兄弟、张孝谦等参加宴会。宴会上，大家即席约定每人各出义捐，一举而得数千元，并当场推选陈炽为提调，负总责，同时推举康有为负责起草学会的序文和章程。
自此，宴会日益增多，康有为在《自编年谱》里追述起当日的情形时说：“于是，三日便一会于炸子桥嵩云草堂，来者日众。”一些高级官员、外国使节及传教士也纷纷参与进来，资助筹备学会：“翰文斋愿送群书”“英美公使愿大助西书及图器”。与此同时，康有为又发函给各地督抚，刘坤一、张之洞、王文韶随即各捐五千金，乃至宋庆、聂士成等武将亦捐来数千金，其他小额捐献更是所在多有。这些捐款使学会的财政变得充裕，会员们每十天定期集会一次，听取有关时事的公开讲演。这时，康有为也不免憧憬起学会未来的前景，他想到待其光大之日，“开书藏”“派游学游历”等等，这些希冀已久的事业将会一一实现。
变法
于是，以强学会为标志，一个京师高级官员的俱乐部正在渐渐形成，其成员分别来自军机处、总理衙门、内阁、翰林院、督办军务处等等不同的机构。这些形色不同、来源各异的人物走到一起，本身便是一件引人注意的事情，与其说这种局面的形成得益于康有为鼓动号召的能力，毋宁说这更是对康有为变法主张的一种广泛的共鸣。
甲午战败后，中国在这场灾难中所遭受的打击比之前任何的挫折都要来得更加强烈。
这次战败在对公共意识的影响上，便是刺激出一种前所未有的危机感，正如康有为在上书中无比激愤地写道：“与日本议和，有割奉天沿边及台湾一省，补兵饷二万万两，及通商苏、杭，听机器洋货流行内地，免其厘税等款，此外尚有缴械、献俘、迁民之说。……窃以为弃台民之事小，散天下民之事大，割地之事小，亡国之事大，社稷安危，在此一举。”
又何止是康有为，对外战争的惨败无疑刺激着整个统治阶级，特别是其中的上层人物，也开始严肃认真地思考起变法的问题。
因而，在这种情况下，“谈论新法成为一极时髦之妆”，康有为筹建强学会的奔走呼吁，很快便应者云集，支持捐助者踊跃积极。该学会甚至引起李鸿章的敬慕，也想出银二千元加入，但因为甲午战败后名声太差，他的申请竟被断然否决。而地方大员中最有声望的另一位人物张之洞，则成为康有为最大的支持者。
扩张
1895年10月17日，北京强学会已经规模初具时，康有为留梁启超在京主持一切，自己离京南下。10月19日，康有为到达天津，拜会了正在天津的陕西巡抚魏光焘，受到殷勤的接待。10月29日，他便乘船来到上海。
当北京强学会声势顿起时，“朝士集者百数”，然而，康有为依然觉得“未足合天下之才”。他想到早年游历上海的经历，曾亲眼目睹租界中街市的繁华，且上海“总南北之汇”“为士大夫所走集”，汇集了中外的图书仪器，风气已开，是召集南北通人志士聚众讲学的重要所在。因而，为了继续扬厉声势，康有为便想到在上海组建强学会，继而次第推行于各省。
有了过去几月在北京活动的经验，康有为对于如何争取资助已是驾轻就熟，掌握实际权柄的地方大员，乃是他最为重视的结交对象。当时，洋务重臣张之洞接替刘坤一署理两江总督，上海正是他的辖地，于是，康有为到达上海的第三天，便又前往南京，进行游说。
那时，康有为的清望正如日中天，据说他一到上海，张之洞就已派专人来接他前往南京。《马关条约》签订以来，因朝廷不采纳自己废约再战的主张，张之洞便一直情绪低落，伤悼不已，康有为的到来，使他十分高兴。在南京，康有为一住就是二十多天，张待之如上宾。每隔一日，康有为便入总督府拜访张之洞，与之相对交谈，发挥学问。当时，康有为高谈阔论，每至夜深，当劝说张之洞开强学会时，张“颇以自任”，并允拨款相助。
就这样，除捐助北京强学会5000两外，张之洞又捐出1500两，筹建上海强学会。在他的倡导下，江南官绅纷纷响应。张之洞外，一份《强学会收支清单》的材料，详细记录了其他支持者的捐助情况：“收邹殿书来银五百两，申洋六百六十六元；收陆春江观察来银二百两，申洋六十五元三角八分；收朱阆稚翁来银一百两，申洋一百三十二元五角；收孙玉翁来银十两，申洋十三元一角……”
在南京期间，康有为顺利地与张之洞达成协议，由张之洞带头出资，在上海组织强学会并发行会刊，张之洞并委托康有为与梁鼎芬等负责起草学会的有关章程、序文及其他工作。11月底，康有为带着起草好的有关文件和张之洞允拨5000两作为上海开办强学会的启动经费的许诺，踌躇满志地来到上海。
陪同康有为一同前来上海的有张之洞的幕僚梁鼎芬、黄绍箕等8人。康有为在张园旁边租赁下一处“规模恢张”的房产，作为居住与开会活动场所，并在上海跑马场西首王家沙一号设会开局。同时，他又四处访求器物，以为设立博物馆做准备，在佛学家杨仁山处访得仪器一批，其中有一架天文望远镜，可以观测到火星表面上的情形，随即商定以3000元的价格将这批仪器全部购买下来。
上海强学会成立后，便以上海为基地，广泛吸收会员。一时，“名儒硕彦，噬肯来游”“诚中国非常之盛举也”（蔡尔康《上海强学会序后按语》）。
查禁
短短数月之间，康有为就已组织起两处强学会，形成了北京、上海遥相辉映的局势，即使是有些狂妄的他，也不免连番感慨“此事大顺”。然而，谁都不会想到，强学会的瓦解速度之快，同样是出乎康有为的意料。
强学会成立之初，会员多为闲处散秩，或未秉实政的低级文官，他们在政治上地位不高，在经济上“欲助无资”。至于他们的总靠山翁同，想在光绪的独断之下改革若干弊端，而又“内畏太后”。考虑到自己力量单薄，便想再吸纳一些有实力的官僚。
当时，在中央政府中，清流派领袖李鸿藻“当国”，康有为于是把李鸿藻的得意门生张孝谦拉拢入会。而且尽管明知张孝谦“为人故反复”，还是举以“主其事”，欲“使其勿败坏”。又通过张孝谦把夤缘于李鸿藻之门的袁世凯、徐世昌，以至给事中、御使褚成博、张仲“邀集入会”。引进御使，据说是“恐言路或中之”，援之“以为重”。
于是，强学会成立之时，便是这样一种联盟：改良派援帝党以自重，帝党也拉改良派以自固。尽管强学会成立之后在声势上轰动京师，但它的内部组织涣散、派系迷离，更使得这种虚弱的结盟其实不堪一击。
正如李鸿章在一位教会人士拜访时所谈到的：现在政权在守旧派手中，所以稍明新学的官僚必须格外小心，不敢倡言变法，即便有新政见，也做不成什么事（据苏特尔《李提摩太传》）。
李鸿章也曾抱着善意到强学会中去寻找变法的可能，但他参加完一次强学会公饯后，便无比失望地对驻俄公使许景澄说：“欲变法自强，无人、无财、无主持者，奈何！”尽管李鸿章曾因强学会的拒绝而含怒在心，但不可否认的是，这位洞察世情的老臣对强学会的判断，很快便一一得到应验。
1896年1月20日，御使杨崇伊于上书，弹劾强学会“专门贩卖西学书籍，并钞录各馆新闻报，刊印《中外纪闻》，按户销售。犹复借口公费，函索外省大员，以毁誉为要挟，请饬严禁。”当天中午，张孝谦从军机处得到消息，立即仓皇来会，“嘱速迁”“顷刻闲人满院”。那时，“各人皆畏”，褚成博、张仲唯恐牵累，匿迹不出；丁立钧“泣下”“欲将书籍、仪器交还同文馆”；张孝谦要“往合肥献好”；熊余波“欲扣杨门求见”；其余人则“纷纷匿迹”。1月23日，“北城出示拿人，而人心于是愈畏”，丁立钧大呼“人心已涣，事无可为”，急得“出涕”“垂泪”（汤志钧《戊戌变法史》）。而这时，李鸿藻恰“赴陵差未回”，翁同听到查禁强学会，也“默不一言”“见人推之两邸”。
杨崇伊在奏折中提到，强学会“私立会党，将开处士横议之风”。自1862年以来，清朝的既定政策就已经是禁止私人针对政府的政策提出建议和请愿，以及禁止私人结社。而强学会则在士子中间助长了无节制地讨论政治和公开批评时政的危险举动。这次弹劾一经提出，便为朝廷所注意，经慈禧太后批准，下令封禁。
而在上海，《强学报》出版的第一期，康有为所表现出的咄咄逼人的气焰就令张之洞无比懊恼。在《强学报》第一期上，一篇《孔子纪年论》的文章引起了社会各界的关注及舆论的紧张。在这篇文章里，康有为主张要像西方把耶稣出生之日作为纪年一样，把孔子的生卒作为中国的纪年。他不仅从理论上阐述了自己有关孔子纪年的依据，而且还付诸实际，在报名之下大书“孔子卒后二千三百七十三年”字样。在中国，历史纪年从来不是单纯的自然时间观念，而是与现实政治联系在一起的，一般只有天子、王者才能确定用什么年号来纪年。因而，康有为擅自改用孔子生辰纪年而不用清朝年号纪年，深深地触怒张之洞，“显而易见，张之洞从这件事中看出了它对清朝不忠的不祥倾向”（《剑桥中国晚清史》）。
于是，北京强学会被封禁的消息传来，张之洞也随即嘱咐幕僚电致上海各报馆：“自强学会报章，未经同人商议，遽行发刻，内有廷寄及孔子卒后一条，皆不合。现时个人星散，此报不刊，此会不办。”然后，便撤回了对强学会的资助，上海强学会随之解散。而从在北京成立算起，它仅仅存在了五个月便关门了。
善后
张之洞撤销对强学会的财政支持后，康有为已无力偿清当初购买仪器所欠的贷款，只得将仪器原物退还卖主。强学会封禁之时，当初的大批捐款，尚有余银七百余两；而原租房屋已交一年之足银，又追回半年，得三百五十元；会中所置器物、书籍等项变卖后，也得二百余元，共计一千二百元。
在张之洞的授意下，所有余款数目单据及自置书籍、木器物件，都交给他的亲信，又一位立志办报的人物汪康年收存。这些剩余的经费和另外一些的私人资金后来被汪康年用来创办另一份报纸——《时务报》，虽然康有为仍想对其施加干涉，但这份报纸已不再受他的控制。
经过打击之后，康有为深感变法条件和自己的阅历都还不够成熟，遂南归桂林，又暂时在万木草堂开始了一段讲学的生活。
康有为认为，若要开风气、开知识，“非合大群不可，且且必合大群而后力厚也，合群非开会不可”。因而，办报之外，并不满足的康有为还要在北京组建学会。
这份报纸叫做《万国公报》，文章分为学校军政各类，形式与官府邸报相仿。报纸的稿件除转录其他报刊外，每期都有论说一篇，在这些文章里，作者大谈变法维新，宣传“富国”“养民”“教民”之法，同时也不乏对于开矿、铸银、制机器、造轮船、筑铁路、办邮政、立学堂、设报馆等新鲜事业的论述。
《万国公报》每两日一期，由京城发送邸报的人连同宫门抄分送给在京的官员们。最初，许多收到报纸的官员并不知此报的由来，有人揣测出自总理衙门，也有人揣测出自外国公使馆。后来，当人们得知这份报纸乃是出自南海馆（康有为在京寓址），而办报之人，就是之前曾在公车上书中大出风头的康有为师徒时，无不大为震惊。
当初，康有为以洋洋洒洒万余言阐述其变法主张的第四次上皇帝书被拒后，不由得深切体会到变法环境的艰难。他感到，那时国人虽然“敌忾心颇盛”，但却“懵于世界大势”，甚至中国的士大夫阶层对外国的政事风俗都了解太少，几乎可以说是一窍不通，而堂堂的京师却无人敢于创办报纸，以开通知识、更新风气。
在新政遥遥无期，而他心灰意懒，几乎要离京南归的时刻，康有为又被几位朋友以“变法还大有可为”劝留了下来。于是，为了提倡新学、开通风气，康有为便跟他的弟子梁启超、孟麦华等决定创办《万国公报》。
然而，当康有为下定主意后，一系列现实的问题也接踵而至：办报的资本从何而来？印刷设备从何而来？报纸刊出后又如何发送到各衙门的官员手上？
筹款
考虑之后，出身广东官宦望族的康有为决定每日自掏腰包，出白银二两，暂时维持着初期的经营。那时，根本没有购买印刷机器的财力，况且京城中人也从未听说过有这样的东西，只得从《京报》馆托用了一幅旧的粗木板雕印。报纸印出后，他们筹以薪金，央托发送《京报》的人，随宫门抄分送至在朝士大夫，报费则全部免收。
1895年8月《万国公报》的创办，对于康有为而言，仅仅是个开始。他说，中国风气，向来散漫，士大夫畏惧于“明世社会之禁”，“不敢相聚讲求”，所以风气转移极难。康有为认为，若要开风气、开知识，“非合大群不可，且必合大群而后力厚也，合群非开会不可”。因而，办报之外，并不满足的康有为还要在北京组建学会。
一月之后，每日发出的《万国公报》最高峰时已达三千张。康有为在《自编年谱》中说：“报开两月，舆论渐明，初则骇之，继亦渐知新法之益。”这时，康有为认为士大夫们耳目已通，组织学会的时机业已成熟。
按照设想，将要组建的强学会将会涉及报务、学务、选书等更多事务，所需经费必然是一个更为庞大的数目，这便成为困扰康有为的又一问题。《万国公报》创立之初，全部费用均由他一人捐款，后来虽有陈次亮、张君立等解囊相助，但“每期二金，积久甚多”，到当年八月时，康有为已是“尽典衣给之”，几无离京盘费。
为了筹集资金，康有为决定在京城士大夫间进行游说。于是，他开始频频发起“游宴”活动，试图通过宴会的方式结交朝中人物，并解释成立学会的构想。在他看来，在这个普遍缺乏教育的国家内，士大夫们是最能领导变法革新的一个阶层，他说：“变法本原，非自京师始，非自王公大臣始不可”。如果在外省设会，一个小小的地方官员就已轻易地阻止，甚至置组织者于死地，而在京城中发起学会不但并无此虞，还会“得登高呼远之势，可得四方响应”。
当时，与康有为往来较密的刑部员外郎沈增植、户部郎中陈炽等均力赞此举。尽管刚开始时，康有为连续三次的“游宴”都徒劳无益，但不久之后，这种筹款游说便大获成功。
1895年9月，康有为又与陈炽分头约请袁世凯、杨锐（内阁中书）、丁玄钧、沈增植、沈曾桐兄弟、张孝谦等参加宴会。宴会上，大家即席约定每人各出义捐，一举而得数千元，并当场推选陈炽为提调，负总责，同时推举康有为负责起草学会的序文和章程。
自此，宴会日益增多，康有为在《自编年谱》里追述起当日的情形时说：“于是，三日便一会于炸子桥嵩云草堂，来者日众。”一些高级官员、外国使节及传教士也纷纷参与进来，资助筹备学会：“翰文斋愿送群书”“英美公使愿大助西书及图器”。与此同时，康有为又发函给各地督抚，刘坤一、张之洞、王文韶随即各捐五千金，乃至宋庆、聂士成等武将亦捐来数千金，其他小额捐献更是所在多有。这些捐款使学会的财政变得充裕，会员们每十天定期集会一次，听取有关时事的公开讲演。这时，康有为也不免憧憬起学会未来的前景，他想到待其光大之日，“开书藏”“派游学游历”等等，这些希冀已久的事业将会一一实现。
变法
于是，以强学会为标志，一个京师高级官员的俱乐部正在渐渐形成，其成员分别来自军机处、总理衙门、内阁、翰林院、督办军务处等等不同的机构。这些形色不同、来源各异的人物走到一起，本身便是一件引人注意的事情，与其说这种局面的形成得益于康有为鼓动号召的能力，毋宁说这更是对康有为变法主张的一种广泛的共鸣。
甲午战败后，中国在这场灾难中所遭受的打击比之前任何的挫折都要来得更加强烈。
这次战败在对公共意识的影响上，便是刺激出一种前所未有的危机感，正如康有为在上书中无比激愤地写道：“与日本议和，有割奉天沿边及台湾一省，补兵饷二万万两，及通商苏、杭，听机器洋货流行内地，免其厘税等款，此外尚有缴械、献俘、迁民之说。……窃以为弃台民之事小，散天下民之事大，割地之事小，亡国之事大，社稷安危，在此一举。”
又何止是康有为，对外战争的惨败无疑刺激着整个统治阶级，特别是其中的上层人物，也开始严肃认真地思考起变法的问题。
因而，在这种情况下，“谈论新法成为一极时髦之妆”，康有为筹建强学会的奔走呼吁，很快便应者云集，支持捐助者踊跃积极。该学会甚至引起李鸿章的敬慕，也想出银二千元加入，但因为甲午战败后名声太差，他的申请竟被断然否决。而地方大员中最有声望的另一位人物张之洞，则成为康有为最大的支持者。
扩张
1895年10月17日，北京强学会已经规模初具时，康有为留梁启超在京主持一切，自己离京南下。10月19日，康有为到达天津，拜会了正在天津的陕西巡抚魏光焘，受到殷勤的接待。10月29日，他便乘船来到上海。
当北京强学会声势顿起时，“朝士集者百数”，然而，康有为依然觉得“未足合天下之才”。他想到早年游历上海的经历，曾亲眼目睹租界中街市的繁华，且上海“总南北之汇”“为士大夫所走集”，汇集了中外的图书仪器，风气已开，是召集南北通人志士聚众讲学的重要所在。因而，为了继续扬厉声势，康有为便想到在上海组建强学会，继而次第推行于各省。
有了过去几月在北京活动的经验，康有为对于如何争取资助已是驾轻就熟，掌握实际权柄的地方大员，乃是他最为重视的结交对象。当时，洋务重臣张之洞接替刘坤一署理两江总督，上海正是他的辖地，于是，康有为到达上海的第三天，便又前往南京，进行游说。
那时，康有为的清望正如日中天，据说他一到上海，张之洞就已派专人来接他前往南京。《马关条约》签订以来，因朝廷不采纳自己废约再战的主张，张之洞便一直情绪低落，伤悼不已，康有为的到来，使他十分高兴。在南京，康有为一住就是二十多天，张待之如上宾。每隔一日，康有为便入总督府拜访张之洞，与之相对交谈，发挥学问。当时，康有为高谈阔论，每至夜深，当劝说张之洞开强学会时，张“颇以自任”，并允拨款相助。
就这样，除捐助北京强学会5000两外，张之洞又捐出1500两，筹建上海强学会。在他的倡导下，江南官绅纷纷响应。张之洞外，一份《强学会收支清单》的材料，详细记录了其他支持者的捐助情况：“收邹殿书来银五百两，申洋六百六十六元；收陆春江观察来银二百两，申洋六十五元三角八分；收朱阆稚翁来银一百两，申洋一百三十二元五角；收孙玉翁来银十两，申洋十三元一角……”
在南京期间，康有为顺利地与张之洞达成协议，由张之洞带头出资，在上海组织强学会并发行会刊，张之洞并委托康有为与梁鼎芬等负责起草学会的有关章程、序文及其他工作。11月底，康有为带着起草好的有关文件和张之洞允拨5000两作为上海开办强学会的启动经费的许诺，踌躇满志地来到上海。
陪同康有为一同前来上海的有张之洞的幕僚梁鼎芬、黄绍箕等8人。康有为在张园旁边租赁下一处“规模恢张”的房产，作为居住与开会活动场所，并在上海跑马场西首王家沙一号设会开局。同时，他又四处访求器物，以为设立博物馆做准备，在佛学家杨仁山处访得仪器一批，其中有一架天文望远镜，可以观测到火星表面上的情形，随即商定以3000元的价格将这批仪器全部购买下来。
上海强学会成立后，便以上海为基地，广泛吸收会员。一时，“名儒硕彦，噬肯来游”“诚中国非常之盛举也”（蔡尔康《上海强学会序后按语》）。
查禁
短短数月之间，康有为就已组织起两处强学会，形成了北京、上海遥相辉映的局势，即使是有些狂妄的他，也不免连番感慨“此事大顺”。然而，谁都不会想到，强学会的瓦解速度之快，同样是出乎康有为的意料。
强学会成立之初，会员多为闲处散秩，或未秉实政的低级文官，他们在政治上地位不高，在经济上“欲助无资”。至于他们的总靠山翁同，想在光绪的独断之下改革若干弊端，而又“内畏太后”。考虑到自己力量单薄，便想再吸纳一些有实力的官僚。
当时，在中央政府中，清流派领袖李鸿藻“当国”，康有为于是把李鸿藻的得意门生张孝谦拉拢入会。而且尽管明知张孝谦“为人故反复”，还是举以“主其事”，欲“使其勿败坏”。又通过张孝谦把夤缘于李鸿藻之门的袁世凯、徐世昌，以至给事中、御使褚成博、张仲“邀集入会”。引进御使，据说是“恐言路或中之”，援之“以为重”。
于是，强学会成立之时，便是这样一种联盟：改良派援帝党以自重，帝党也拉改良派以自固。尽管强学会成立之后在声势上轰动京师，但它的内部组织涣散、派系迷离，更使得这种虚弱的结盟其实不堪一击。
正如李鸿章在一位教会人士拜访时所谈到的：现在政权在守旧派手中，所以稍明新学的官僚必须格外小心，不敢倡言变法，即便有新政见，也做不成什么事（据苏特尔《李提摩太传》）。
李鸿章也曾抱着善意到强学会中去寻找变法的可能，但他参加完一次强学会公饯后，便无比失望地对驻俄公使许景澄说：“欲变法自强，无人、无财、无主持者，奈何！”尽管李鸿章曾因强学会的拒绝而含怒在心，但不可否认的是，这位洞察世情的老臣对强学会的判断，很快便一一得到应验。
1896年1月20日，御使杨崇伊于上书，弹劾强学会“专门贩卖西学书籍，并钞录各馆新闻报，刊印《中外纪闻》，按户销售。犹复借口公费，函索外省大员，以毁誉为要挟，请饬严禁。”当天中午，张孝谦从军机处得到消息，立即仓皇来会，“嘱速迁”“顷刻闲人满院”。那时，“各人皆畏”，褚成博、张仲唯恐牵累，匿迹不出；丁立钧“泣下”“欲将书籍、仪器交还同文馆”；张孝谦要“往合肥献好”；熊余波“欲扣杨门求见”；其余人则“纷纷匿迹”。1月23日，“北城出示拿人，而人心于是愈畏”，丁立钧大呼“人心已涣，事无可为”，急得“出涕”“垂泪”（汤志钧《戊戌变法史》）。而这时，李鸿藻恰“赴陵差未回”，翁同听到查禁强学会，也“默不一言”“见人推之两邸”。
杨崇伊在奏折中提到，强学会“私立会党，将开处士横议之风”。自1862年以来，清朝的既定政策就已经是禁止私人针对政府的政策提出建议和请愿，以及禁止私人结社。而强学会则在士子中间助长了无节制地讨论政治和公开批评时政的危险举动。这次弹劾一经提出，便为朝廷所注意，经慈禧太后批准，下令封禁。
而在上海，《强学报》出版的第一期，康有为所表现出的咄咄逼人的气焰就令张之洞无比懊恼。在《强学报》第一期上，一篇《孔子纪年论》的文章引起了社会各界的关注及舆论的紧张。在这篇文章里，康有为主张要像西方把耶稣出生之日作为纪年一样，把孔子的生卒作为中国的纪年。他不仅从理论上阐述了自己有关孔子纪年的依据，而且还付诸实际，在报名之下大书“孔子卒后二千三百七十三年”字样。在中国，历史纪年从来不是单纯的自然时间观念，而是与现实政治联系在一起的，一般只有天子、王者才能确定用什么年号来纪年。因而，康有为擅自改用孔子生辰纪年而不用清朝年号纪年，深深地触怒张之洞，“显而易见，张之洞从这件事中看出了它对清朝不忠的不祥倾向”（《剑桥中国晚清史》）。
于是，北京强学会被封禁的消息传来，张之洞也随即嘱咐幕僚电致上海各报馆：“自强学会报章，未经同人商议，遽行发刻，内有廷寄及孔子卒后一条，皆不合。现时个人星散，此报不刊，此会不办。”然后，便撤回了对强学会的资助，上海强学会随之解散。而从在北京成立算起，它仅仅存在了五个月便关门了。
善后
张之洞撤销对强学会的财政支持后，康有为已无力偿清当初购买仪器所欠的贷款，只得将仪器原物退还卖主。强学会封禁之时，当初的大批捐款，尚有余银七百余两；而原租房屋已交一年之足银，又追回半年，得三百五十元；会中所置器物、书籍等项变卖后，也得二百余元，共计一千二百元。
在张之洞的授意下，所有余款数目单据及自置书籍、木器物件，都交给他的亲信，又一位立志办报的人物汪康年收存。这些剩余的经费和另外一些的私人资金后来被汪康年用来创办另一份报纸——《时务报》，虽然康有为仍想对其施加干涉，但这份报纸已不再受他的控制。
经过打击之后，康有为深感变法条件和自己的阅历都还不够成熟，遂南归桂林，又暂时在万木草堂开始了一段讲学的生活。
康有为认为，若要开风气、开知识，“非合大群不可，且且必合大群而后力厚也，合群非开会不可”。因而，办报之外，并不满足的康有为还要在北京组建学会。