本文针对处于南水北调中线水源涵养区的陕西省旬阳县的基本情况,探讨了生态补偿的若干理论问题,如为什么要进行生态补偿、谁来补偿和向谁补偿、补偿多少以及如何进行补偿等。笔者认为,由于环境资源产权界定或权利的初始分配不同,造成了流域上下游事实上发展权利的不平等,需要一种补偿来弥补这种权利的失衡以及生态环境保护产生的正外部性;南水北调中线工程下游沿线享受生态服务的地方政府和中央政府应当是提供补偿的主体,而上游水源涵养区的地方政府、企业法人与社区居民等是接受补偿的主体;生态补偿的范围和标准可以分为两部分,包括生态建设和保护的额外成本和发展机会成本的损失;在当前环境资源产权关系界定尚不完善,市场机制还未完全建立的情况下,应强化中央政府对生态补偿的干预力度;在产权界定比较明确,市场经济程度较高的情况,可逐步侧重于利益主体间自愿协商的解决途径。在具体的生态补偿政策实施中,要关注为地方创造发展的机会、空间和政策;生态补偿方式应当多元化;同时要建立生态补偿的监管、评估和激励机制以及合理的干部考核机制。