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全国主体功能区划的提出旨在解决生态与经济之间日益严重的发展矛盾，推进区域开发的不断优化，但目前主体功能区的发展正在违背其功能定位，粗放式的开发模式加速着生态经济系统的熵增进程，使经济与生态之间的关系趋于紧张。本文以主体功能区的视角，选取青藏高原区为研究对象，搭建生态经济系统的投入产出模型，通过分析青藏高原区生态经济系统投入产出之间的数量关系，探寻主体功能约束下的区域可持续发展路径。