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在中国火星探测萤火一号（YH-1）计划中,包括了地基掩星观测反演火星大气的科研任务.观测资料整理是反演流程的第一步.本文描述了地基火星大气掩星观测处理软件系统的观测数据流程和观测资料整理模块,并详细介绍了观测资料整理模块的结构和功能,其中包括时间系统转换、历表插值、坐标系变换、信号时延改正以及掩星平面建立.利用行星数据系统公布的火星快车无线电科学数据和由SPICE得到的地球、火星历表以及火星快车的轨道数据,结合本文的算法,得到了一些实验结果.